Ayudar a comprender las epidemias a través de los datos. Con esta misión nació Nextstrain, un proyecto de código abierto que recaba datos públicos sobre el genoma de ciertos patógenos y utiliza herramientas de análisis y visualización para hacerlos accesibles a las personas. Si ya lo ha hecho con enfermedades como el Zika, el Ébola o el dengue, ahora lo está haciendo con el coronavirus (Sars-CoV-2).
La plataforma, en la que participa una veintena de científicos, rastrea las distintas mutaciones del virus a medida que se propaga y permite a los científicos ir creando un árbol genealógico en tiempo real para determinar cómo se está propagando. Nextstrain muestra, entre otras cosas, dónde han fallado las medidas de contención y deja ver de manera muy clara que el virus ha entrado a los países por distintas vías.
Durante una infección y una epidemia, los patógenos acumulan mutaciones aleatorias en sus genomas. En la medida en que los distintos genomas suelen recoger distintas mutaciones, estas pueden utilizarse como un marcador de transmisión. Al rastrear esas mutaciones, los científicos determinan su evolución y ven cuáles casos tienen una relación más estrecha.
Tras las huellas del primer caso en EE. UU
En Estados Unidos, se creía que el primer caso confirmado en el país había sido un hombre de 35 años que acudió el 19 de enero a una clínica de urgencias en el condado de Snohomish (Washington) con tos y fiebre. Había viajado a Wuhan (China), origen de la epidemia, a visitar a su familia.
Pero una semana después, los científicos reportaron un caso previo. El de una mujer sexagenaria que viajó el 25 de diciembre a Wuhan a visitar a su familia. A los pocos días de volver a Illinois a mediados de enero desarrolló la enfermedad.
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“El estado de Washington ha hecho secuenciar 354 virus (de 453 en los EE.UU.). Aquí vemos que la gran mayoría (83 %) de los virus secuenciados parecen descender de un solo evento de introducción a finales de enero o principios de febrero”, ha asegurado hace unos días en su cuenta de Twitter Trevor Bedford, investigador del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson (Estados Unidos) y uno de los creadores de Nextstrain. Esta es la misma cadena de transmisión que se observa en Australia e Islandia.
Sin embargo, el último informe semanal de la plataforma, que incluye el análisis de 1.495 genomas del COVID-19, detalla que el estado de Washington tuvo al menos dos introducciones independientes (la primera proveniente de China, la segunda, de Europa), que condujeron a dos cadenas de transmisión diferentes.
Primer caso en América Latina
En Brasil, la secuenciación del genoma y el análisis de los dos primeros genomas del virus muestran dos introducciones de virus independientes en el país, según explica el investigador de la Universidad de Oxford (Reino Unido), Nuno Faria, en un artículo publicado en virology.com.
Los dos casos registrados habían viajado al norte de Italia. El primero es el de un hombre de 61 años que viajó desde la región de Lombardía a São Paulo a principios de febrero. El segundo es el de un hombre de 32 años que viajó desde Milán también a São Paulo, el 27 de febrero.
Situación en Europa
Los datos muestran que el virus entró a Europa varias veces y sugieren que un brote que apareció en Múnich (Alemania) en enero quizá no se contuvo con éxito. Este primer paciente es un hombre de negocios alemán de 33 años de edad. Desde el 1 de febrero, cerca de una cuarta parte de las nuevas infecciones parecían genéticamente similares a las del grupo de Múnich.
En España, el primer caso confirmado fue identificado en La Gomera el 31 de enero. Se trataba de un turista alemán que había tenido contacto con un paciente enfermo en su país. Sin embargo, se desconoce el origen del brote que surgió a principios de marzo.
El informe de Nextstrain muestra que en Europa el virus ha seguido atravesando las fronteras a lo largo de las últimas tres a cinco semanas. Cuando las medidas de confinamiento se hagan sentir, es posible que se constate un mayor número de casos agrupados por país, advierten los científicos.
En África, los análisis sugieren una transmisión local en Kinshasa (República Democrática del Congo) desde hace más de 11 días. En Oceanía, los datos genéticos indican otra transmisión local en Nueva Gales del Sur, en Australia.
